国家苹果工程技术研究中心是在山东省苹果工程技术研究中心运行10年的基础上,于2009年获科技部批准建设。中心以自主创新、集成创新、引进创新和成果转化为核心内容，着重突破约束苹果产业发展的重大技术瓶颈和制约科技持续创新能力的薄弱环节，以优质、高产、高效、生态、安全为主线，重点在种苗工程技术、优质高效安全生产工程技术、贮藏加工技术等三个领域进行工程技术研究和开发，高效快捷地转化、推广、应用于全国苹果产业。2016年12月，在科技部国家工程技术研究中心第五次评估中获得优秀等次。

中心现有专兼职研究人员87人，其中高级职称59人，中国工程院院士1人、国家优青1人、泰山学者攀登计划2人，泰山学者3人，泰山产业领军人才3人，“泰山学者创新团队”5个，国家测土配方施肥专家组专家1人，国家苹果化肥零增长行动和有机替代化肥行动首席科学家1人，国家现代农业产业技术体系岗位科学家5人，山东省现代农业产业技术体系岗位专家7人。另有博士后15人，博士研究生28人，硕士研究生126人。

近年来，承担各类科技创新项目76项，到位经费9839.7万元，其中主持国家自然科学基金、国家重点研发计划项目、国家科技支撑计划项目等国家级项目45项。成立以来，先后获国家科技进步奖3项、国家技术发明奖1项，省部级各类奖项23项。审定或登记苹果新品种36个，建立示范基地164个，获得授权发明专利60项，出版专著13部，发表论文500余篇，培养、培训各类人才2.35万余人。推广三层节水、精品果工程等技术成果30余项，推广示范面积一千余万亩，累计产生经济效益100余亿元。

中心在苹果品质形成机理等基础研究、苹果重茬障碍防控关键技术、苹果化学疏花疏果与免套袋技术、有机替代和新型肥料等养分高效利用技术、NFC苹果汁低温低氧加工关键技术、苹果鲜汁绿色酿造果醋关键技术方面均取得重大突破。研究团队在“New Phytologist”、“Plant Biotechnology Journal”等国际著名期刊发表苹果品质和抗逆相关系列SCI论文，研究成果受到广泛关注。苹果重茬障碍防控关键技术在山东、陕西、山西、甘肃、辽宁、河北等地示范推广100多万亩。