国家苹果工程技术研究中心以山东农业大学为依托单位，由山东农业大学果树学科、有关学科及山东省农业科学院果树研究所等共同组建。“中心”设立工程技术委员会，并在组建期间设立“中心”管理委员会。国家苹果工程技术研究中心下设综合办公室、工程技术研发部、产业与技术推广部、培训交流部。

部门设置：

综合办公室：是中心的日常行政事务管理部门，负责协调各部门之间的工作、劳动、人事管理，拟定中心规章制度、宣传、文化建设等。

工程技术研发部：下设资源创新与育种、栽培与苗木、安全与有机生产、生理生态、贮藏与加工等5个工程技术研发室。资源创新与育种研发室主要负责苹果种质创新以及砧木与栽培品种的选育；栽培与苗木研发室的主要任务是研究标准苗木培育技术，新型肥料研制，苹果栽培模式创新与示范；安全与有机生产研发室主要开展病虫四生防治与苹果有机栽培技术研究；生理生态研发室主要研究苹果水分与营养监控技术，苹果管理专家系统开发，相关数字产品开发；贮藏与加工研发室主要开展保鲜技术与苹果深加工技术研究。

工程产业部：下设试验站、示范基地、市场营销和相关企业公司。主要任务是转化开发技术成果，进行示范，建立优质良种苗木繁育、示范、生产基地，建立产后商品化处理、加工、营销网络体系。

培训交流部：下设技术培训、合作交流、科技信息等部门。负责培训相关技术人员、开展国内外合作与交流，收集和传递国内外果树研究、生产、加工、贸易及相关行业的科学技术信息，建立科技信息系统、专家技术咨询服务体系和技术人员培训体系等。